哈尔滨工程大学是全国首批具有博士、硕士学位授予权的单位。2002年，教育部批准学校试办研究生院，成为全国56所设有研究生院的高校之一，学校进入国家研究生培养主力军行列。2007年获准建立研究生院。2009年，学校通过工信部“研究生教育优秀工程”专家组现场评估验收并获优秀评价。
目前，学校有国家级重点学科2个，博士学位授予权一级学科12个，一级学科硕士点29个；国家重点学科一级1个、二级1个，国防特色学科11个，黑龙江省重点学科群1个。学校可在经济学、法学、教育学、文学、理学、工学、管理学、艺术学等8个门类招收硕士研究生，在工学、法学、管理学等3个学科门类招收博士研究生，并可招收工程硕士、工商管理硕士、公共管理硕士、金融硕士、翻译硕士、社会工作硕士等6种专业学位硕士研究生，形成了支撑学校高层次创新人才培养的学位授权体系。
近年来，学校坚持“三海一核”特色办学方略，全面推进“创新推动，打造品牌”的人才培养战略，研究生教育取得了明显进步和发展，办学规模不断扩大，为国家和社会培养了多门类高层次专门人才。从2003年至今，学校共培养硕士、博士以及各类专业学位硕士3万余名，研究生毕业生就业率连续多年保持在95%以上，每年海军、船舶、核工业系统等几百家用人单位专程到我校招聘毕业生，使我校毕业生在激烈的就业竞争中具备了特色的优势和竞争力。
哈尔滨工程大学研究生招生工作始终坚持公平、公正、公开的基本原则，综合评价、择优录取，不断探索招生工作机制，深化招生工作改革，努力提升研究生生源质量。